Die intestinale Mukosa gilt heute als eines der wichtigsten Immunorgane des Menschen. Ein Großteil der Immunzellen befindet sich im darmassoziierten Immunsystem (GALT), das in enger Wechselwirkung mit der Darmmikrobiota steht. Mikrobielle Dysbalancen (Dysbiosen) können mit Barrierestörungen, entzündlichen Prozessen der Darmschleimhaut und einer veränderten Immunregulation einhergehen.
Faktoren wie Ernährungsweise, Alter, Stress, Infektionen oder Arzneimittel – insbesondere Antibiotika – beeinflussen Zusammensetzung und Funktion des individuellen Darmmikrobioms. Bakterienkulturen mit Bifidobacterium- und Lactobacillus-Stämmen werden in ernährungsmedizinischen Konzepten häufig eingesetzt, um die bakterielle Vielfalt zu unterstützen und empfindliche Phasen zu überbrücken, etwa nach Antibiotikagaben oder bei einseitiger Kost.
Ballaststoffe wie Inulin und resistentes Dextrin gehören zu den fermentierbaren Kohlenhydraten, die im Dünndarm kaum resorbiert werden und im Kolon den dort ansässigen Mikroorganismen als Substrat dienen. Die bei der Fermentation entstehenden kurzkettigen Fettsäuren (z. B. Acetat, Propionat, Butyrat) werden als wichtige Metabolite im Kontext der Darmbarriere, des lokalen pH‑Milieus und der Immunmodulation diskutiert.